无尘喷漆房得到普及后，用户将更多的关注点放在了它的质量上面，毕竟实际的使用效果还没有达到完美的状态，仍有许多问题会表现出来。无尘喷漆房的主要问题在以下几方面：
有人会认为无尘喷漆房的给排风设计不合理，这也是导致喷漆操作环境排风效果不佳的主要原因，而事实也确实如此，从给风过滤系统阻力大、负压、局部有死角等现象可以证明。但以为的追求喷漆房的排放效果也是不利的，因为这反而会增加设备投入和运行费用。
其次，无尘喷漆房的照明布局不合理也是被提出的一方面，由于对应的照度不够，因此不能给喷漆提供良好的工作环境，喷漆效果不佳的同时还会给生产带来安全隐患。除此之外，无尘喷漆房中漆雾的净化方法也有待提高，避免造成二次污染。
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